2007-09-26 22:39:36
embossで標準出力をさせる方法があるとここを読んで初めて知った。今までこれが判らず無駄に苦労したことがあった。「入力ファイルに'stdin'と書くと標準入力から読む」と書いてあるけれども、どうもそうならないことも多い。今すぐ、たった今、この瞬間に"GGATAACGTCTCAATAGCATG"の相補鎖を知りたい！ ５秒遅れたら死にそうだというようなときに困るのだ。
revseq "echo RGGATAACGTCTCAATAGCATYG |" stdout Reverse and complement a sequence >EMBOSS_001 CRATGCTATTGAGACGTTATCCYというようなことはできると判ったが、何か納得できない。Biorubyを使って、
bioruby> puts seq("RGGATAACGTCTCAATAGCATYG").complement
cratgctattgagacgttatccy
とすることももちろん可能だ。でも、これも満足できない。打てば響くように帰ってきて欲しいのだ。