2010-07-21 13:40:12
５月にUbuntu 10.04にしてから、BLASTをインストールしていなかったことに気がついた。そこで、Synaptic Package Managerを使ってインストール。バージョンは2.2.21。Blast+が使えるはずである。16S rRNAのデータベースもあるので、一緒にインストールする。
ところが、古いblastallというようなコマンドしか使えないのだ。どういうことだ？ 何日もかけていろいろ調べてみたのだが、どうもよく判らない。でも、新しいBLAST+コマンドは使えないことだけは判った。
それでは満足できないので、ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/から、ncbi-blast-2.2.23+-ia32-linux.tar.gzをダウンロード。展開するとbinフォルダの中に実行ファイルが入っていた。
blastdb_aliastool blastp makeblastdb segmasker blastdbcheck blastx makembindex tblastn blastdbcmd convert2blastmask psiblast tblastx blast_formatter dustmasker rpsblast update_blastdb.pl blastn legacy_blast.pl rpstblastn windowmaskerである。これをパスの通ったところに置けば（私は~/binに置いた）いい。
ホームディレクトリに.ncbircというファイルを作り、[BLAST] BLASTDB=/usr/share/ncbi/dataと書いたのだけど、そこのデータベースを認識してくれない。/etc/ncbi/.ncbircにも同じように書いてあるのに。仕方がないので、データベースは絶対パスで指定した。
blastn -db /usr/share/ncbi/data/16SCore -query test.fasta -out res_test.outとやれば検索して、結果をres_test.outに保存してくれる。とりあえず、これでいいか。
追記：.ncbircにおいて、BLASTDB= と書いたつもりが、DB= となっていた。それでデータベースの場所が指定できなかったのだ。悪いのは私だった。申し訳ない。