カテゴリー : MacOSX

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Apr 28, 2010

Booglemarksを使ってみる

ポスト @ 10:38:12 | webapp,MacOSX,Google

Moongiftで知った便利なもの。私は主にFirefoxを使っているのだけど、ときどきMacOSX環境ではSafariを使いたくなることがある。理由は云いたくないが(嘘)、そういうことがあるのである。そうしようと思ったわけでもなくて、気がつくとSafari画面が開いていたりすることもある。

Safariが嫌いなわけではない。MacならSafariを使いたいという気持ちもある。でも、Firefoxでのみ使える便利な機能もいろいろあって、どちらか一方に決めることもできない(決める必要もないと思うが)。

Safariを使っていて、困ったと思うのが、Google Bookmarksが使えないこと(正確にはBoogle Toolbarが使えないからプルダウンメニューが出てこないこと)。あのブックマークにあるのに、URLを探すのが面倒くさい! ってことがある。本体のブックマークはXmarksを使って、MacOSのSafari、Firefox、LinuxのFirefoxとで同期しているからいいのだけど、Google Bookmarksを利用しているところはSafariのメニューバーとかブックマークバーには出てこない。iGoogleからは使えるけど。

Booglemarksを使えばそれも解決する。あらかじめ、SIMBLというのをインストールしておく必要があるが、あとは~/Library/SIMBLE/PluginsにダウンロードしたBooglemarks.bundleを入れるだけ。メニューのブックマークのとなりに「ブーグルマーク」という項目が出現し、Google Bookmarksを使えるようになるのだ。

Booglemarks

これは便利だと思った。

Apr 21, 2010

AirMac Expressを買う

ポスト @ 13:27:24 | MacOSX

引っ越して二ヶ月が経って、それでも全然部屋は片付いていないのだけれども、何となく無線LAN環境を整えたくなって、AirMac Expressを一つ買った。数年前に買ったのを一つ持っているので、これで二つめである。AirMac Extremeを親機にして、LANを延長してどの部屋でも無線LANを強い信号で利用できるようにしようと考えたのだ。

AirMacExpresses

上の写真で、左が新しいAirMac Express、右が古いAirMac Expressである。箱は違うが本体の姿はほとんど同じである。でも、中身はやはり違うのだ。

私は前にも複数のAirMac Extreme/Expressをつないで無線LANを拡張して使ったことがある。AirMacU照りティのWDS設定で親機/子機/孫機のMacAdressをちまちまと入力して苦労してつないでいったものだが、なんと驚くことに、今は、「ネットワークを拡張」というところを選ぶだけでいいのだ。こんな簡単でいいのか。Expressの方の設定で、「ネットワークを拡張」とやって、接続するネットワークをプルダウンメニューから選択し、パスワードを入力すればそれで完了である。こんな簡単でいいのか。いいのか。

さて、新しいExpressの設定を完了し、古いExpressも同様に設定しようと思ったら、ネットワークの拡張を選んだらネットワーク名がプルダウンメニューで選択できるなんてことはできなかった。そんなものを選ぶところがなかった。Firmwareのアップグレードもできないので、やはり古い機種は対応できないのだ。諦めて、こいつはネットワークに接続しないことにした。それでも、住まいの8割くらいの場所で無線LANが使えるようになったから、とりあえずはいいだろう。風呂やトイレで密かにネットワークに接続したい人は困るかも。

今回のもう一つの目的は、書斎だけでなく、隣の隣の部屋でも音楽を聴けるようにするということだった。どれだけ聴くかは判らないが。スピーカも買った。アルテックランシング Expressionist Bass 2.2 White FX3022WHTAA である。音の良さの判定には自信がないのだが、今回は書棚の上に設置したいという条件を満たしていたので、これにしてみた。サブウーファが別になくても両スピーカーの底部にある低音専用スピーカがそれなりの音を発してくれるらしいというのも評価できるのかと思った。

Altec Expressionist Bass 2.2

今にも歩き出しそうな姿である。あるいは、体調2センチメートルくらいの宇宙人が降りてきそうな感じかも知れない。このスピーカをAirMac Expressにつないで、Mac miniのiTunesで曲を再生するときに、外部スピーカを選べば音が聴こえてくる。思い通りの接続ができたが、書棚の固定がまだなので、床の上に置いたままなのだ。はやく部屋の整理をしたいものである。

Apr 20, 2010

ZumoDrive:あれは何だったのか

ポスト @ 8:26:46 | webapp,MacOSX

iTunesで音楽を聴いていたら突然、「iTunesに追加できる曲があります」みたいな表示がでてきて、何なのだろうと思って、OKを押すと(わけが判らないとOKを押してしまうのは甚だ不用心である)、iTunesに曲が追加されましたという表示が出た。オンラインストレージZumoDriveの仕事らしい。

Zumo100419

ZumoDriveから曲をストリーミングするのを楽しんでくださいというので、楽しんでやるかと思い、iTunesで追加された曲を選んで聴こうとしたら、全部素通りして終了してしまった。どうなっているのか。これでは楽しめないではないか。こんな表示が出たのは初めてで、この音楽ファイルをZumoDriveに保存したのはずっと前に動作確認をしようと思ったときに何らかの目的で試したファイルだから、保存してから何ヶ月も経ってから突然「追加しましたよ!」と云われたわけだ。いったいこれは何なのだろう。

Apr 19, 2010

MacOSXでBLAST+

ポスト @ 15:02:46 | bio,MacOSX

Ubuntuでblastサーバは使えるようになったのだけど、この頃は細々とした作業をUbuntuの方でやることが多くなったので、量の多い検索はMac miniの方で頑張ってもらいたかったりする。そこで、BLAST+をMac miniにインストールしてみた。

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=DownloadからMacOSX(Universal, DMG)をダウンロード。ダブルクリックでインストール。勝手にインストールしてくれるから、どこに何がインストールされたのかよく判らない。どうやら、/usr/local/ncgi/blastにインストールされたようだ。

ここのblast/binにpathを通す。

.ncbircというファイルを作り、

[NCBI]
Data=/usr/local/ncbi/blast/data
[BLAST]
BLASTDB=/usr/local/ncbi/blast/db
と書いてみる。必要かどうかは判らない。

前回と同様、16S rRNA遺伝子のみのデータベースを作りたいので、/usr/local/ncbi/blast/dbに16S rRNA配列のfastaファイルを置き、

makeblastdb -in rdp1019.fasta -title "RDP10_19" -dbtype nucl -out rdp1019
と打つと、
Building a new DB, current time: 04/19/2010 11:25:00
New DB name:   rdp1019
New DB title:  RDP10_19
Sequence type: Nucleotide
Keep Linkouts: T
Keep MBits: T
Maximum file size: 1073741824B
Adding sequences from FASTA; added 1396793 sequences in 133.888 seconds.
と表示され、
rdp1019.nin
rdp1019.nhr
rdp1019.nsq
という三つのファイルができあがった。前とちょっと違う。これは新しいBLAST+なのだ。

検索のコマンドも少し変わって、

blastn -db rdp1019 -query test.fasta -out res_test.out \\
-outfmt 5 -num_descriptions 10 -num_alignments 10
というようにすれば(blastallというのはもうないらしい)、rdp1019というデータベースを使って、test.fastaファイル内の配列を検索し、res_test.outというファイルに結果を出力してくれる。結果は各配列ごとに10個まで(初期設定は500)、形式はXMLで保存。いろいろ細かいことができるけれども、自分用の備忘録なので、ここまで。

Mar 23, 2010

CalibreとDropbox

ポスト @ 21:10:04 | 電子書籍,MacOSX,ubuntu

 Caribreで電子書籍を管理閲覧する方法を覚えた今日この頃なのだが、肝心の電子書籍は一向に読まず、アプリケーションの使い方ばかり調べている。使い方を間違えたままライブラリに登録する本を増やし続けると、あとで困ったことになったりするかも知れないから、これでいいのだ。最初はまあ、そんなものだろう。CaribreはホームディレクトリにCalibre Libraryというォルダを作り、そこにファイルを保存する仕組みになっている。この場所はPreferencesで変更できる。これをDropboxの中に置けば、ネットにつながっていさえすればどこでも同じ電子書籍を読めるんじゃないかと思ったのだ。そう思ってちょっと検索してみると、いくつも報告例があるので、私が思いつくことくらい誰でも思いつくのだと判ると同時に、安心して試せるというわけだ。ところが……

 私が使いたいのは、MacとUbuntu Linuxの組合せである。この組合せの報告は少ない(少なくとも私は目にしていない)。問題は、ubuntuの方だった。まずはMacOSXで「Location of ebooks」の場所をDropbox内に作ったeBooksLibraryというフォルダに変更した。次に(翌日)、ubuntuのCalibreで Preferencesボタンを押し、「Location of ebooks」という項目を変更した。すると、昨日Macで設定した電子図書と同じものが表示されるようになった。ここまでは、思惑通りである。今度は、 ubuntuのCalibreから新しい電子書籍を登録しようとしたら、こんなエラーが表示され、追加できないのだ。

WarningCalibre
 なぜ? 「Location of ebooks」を前の場所(~/Calibre Library)に戻すと、追加できるようになる。理由は判らない。もう一つのMacOSXにもCalibreをインストールし、「Location of ebooks」の場所をさきほどのDropbox内のフォルダに設定する。今度は電子書籍を追加できる。追加できないものの、ubuntuでも読むことはできるようだから、まあいいか(あまりよくないけど)。しかし、よくよく書籍一覧ウィンドウを見てみると、表紙画像が間違って表示されている。フォルダを変更する前の記憶が混ざっているようだ。
calibre100323
 上のスクリーンショットでは、Tails of Wonder and Imaginationが選ばれているのに、表示は一つ下のF&SF January-February 2010である。まあ、本文は読めるからいいということにしようか(あまりよくないけど)。

Jan 20, 2010

Amazon EC2再び・続き

ポスト @ 7:54:37 , 修正 @ Jan 19, 2010 22:54:37 | Amazon,ubuntu,MacOSX

 個人的備忘録の続き。

 Apache、PHP、MySQLのインストールから。

 sudo apt-get install apache2とやってインストール。http://ec2-xxxx.compute-1.amazonaws.comをブラウザで開いて、It works! と表示されればいい。

sudo apt-get install php5-cli
sudo apt-get install libapache2-mod-php5
sudo apt-get install mysql-server
 *rootのパスワード設定を求める画面が出てくるので入力
sudo apt-get install php5-mysql
 /etc/mysql/my.cnfに以下の2行を追加。 [mysqld]
default-character-set = utf8
skip-character-set-client-handshake
 /etc/php5/apache2/php.iniを少し修正。/etc/php5/cli/php.iniも。
magic_quotes_gpc Off
default_charset = "UTF-8"
mbstring.language Japanese
mbstring.internal_encoding = UTF-8
mbstring.http_input = auto
mbstring.http_output = pass
mbstring.encoding_translation = Off
mbstring.detect_order = auto
mbstring.substitute_character = none;
 一通り設定したら、apacheの設定更新を
sudo /etc/init.d/apache2 reload
とやって反映させる。

 pythonは入っていたので、python-mySQLdb libapache2-mod-pythonだけ追加しておく。あと、phpmyadminもインストール。

 確認すると、MySQLにパスワードのないユーザは存在しなかったので、追加のみ。

sudo /etc/init.d/mysql restart
mysql> show variables like "char%";
+--------------------------+----------------------------+
| Variable_name            | Value                      |
+--------------------------+----------------------------+
| character_set_client     | utf8                       | 
| character_set_connection | utf8                       | 
| character_set_database   | utf8                       | 
| character_set_filesystem | binary                     | 
| character_set_results    | utf8                       | 
| character_set_server     | utf8                       | 
| character_set_system     | utf8                       | 
| character_sets_dir       | /usr/share/mysql/charsets/ | 
+--------------------------+----------------------------+
8 rows in set (0.00 sec)
となっていることを確認。

 次に、EBSにMySQLのデータベースを置くための設定。インスタンスが停止してもデータが消えないように。EBSのvolumeは前に作っておいたものを使う。まず、SSHでログインして、sfsprogsをインストール。
 次に、volumeとinstanceの対応付けを行う。

ec2-attach-volume -d /dev/sdh -i i-2exxxx vol-xxxx
次のような表示がなされる。
ATTACHMENT  vol-xxxxxx  i-2exxxxx   /dev/sdh    attaching   2010-01-19T03:18:31+0000
EC2のシステムに戻って、
sudo mkfs.xfs /dev/sdh
mkfs.xfs: /dev/sdh appears to contain an existing filesystem (xfs).
mkfs.xfs: Use the -f option to force overwrite.
という表示が出たので、
sudo mkfs.xfs -f /dev/sdh
meta-data=/dev/sdh               isize=256    agcount=4, agsize=65536 blks
         =                       sectsz=512   attr=2
data     =                       bsize=4096   blocks=262144, imaxpct=25
         =                       sunit=0      swidth=0 blks
naming   =version 2              bsize=4096   ascii-ci=0
log      =internal log           bsize=4096   blocks=2560, version=2
         =                       sectsz=512   sunit=0 blks, lazy-count=0
realtime =none                   extsz=4096   blocks=0, rtextents=0
続いて、
sudo echo "/dev/sdh /vol xfs noatime 0 0" >> /etc/fstab
-bash: /etc/fstab: Permission denied
としたら、拒否されたので、/etc/fstabを開いて書き込んだ。
echo "/dev/sdh /vol xfs noatime 0 0" | sudo tee -a /etc/fstab
とすればよかったのか。
sudo mkdir /vol
sudo mount /vol
次にMySQLをいったん止め、MySQLデータの保存場所の設定を変更する。
sudo /etc/init.d/mysql stop
sudo mkdir /vol/etc /vol/lib /vol/log
sudo mv /etc/mysql     /vol/etc/
sudo mv /var/lib/mysql /vol/lib/
sudo mv /var/log/mysql /vol/log/
sudo mkdir /etc/mysql
sudo mkdir /var/lib/mysql
sudo mkdir /var/log/mysql
echo "/vol/etc/mysql /etc/mysql     none bind" | sudo tee -a /etc/fstab
    /vol/etc/mysql /etc/mysql     none bind
sudo mount /etc/mysql
echo "/vol/lib/mysql /var/lib/mysql none bind" | sudo tee -a /etc/fstab
    /vol/lib/mysql /var/lib/mysql none bind
sudo mount /var/lib/mysql
echo "/vol/log/mysql /var/log/mysql none bind" | sudo tee -a /etc/fstab
    /vol/log/mysql /var/log/mysql none bind
sudo mount /var/log/mysql
MySQLを再起動
sudo /etc/init.d/mysql start
これでいいのだろうか。よく判らない。

 次にユーザの追加。いつもはこれはGUIでやっていたので、コマンド操作は久しぶり。Jonas Lieさんのjonasというユーザを追加するときの例。

sudo adduser jonas
Adding user `jonas' ...
Adding new group `jonas' (1002) ...
Adding new user `jonas' (1002) with group `jonas' ...
Creating home directory `/home/jonas' ...
Copying files from `/etc/skel' ...
Enter new UNIX password: 
Retype new UNIX password: 
passwd: password updated successfully
Changing the user information for jonas
Enter the new value, or press ENTER for the default
    Full Name []: Jonas Lie
    Room Number []: 
    Work Phone []: 
    Home Phone []: 
    Other []: 
Is the information correct? [Y/n] Y
これで/homeディレクトリ下にはubuntuとjonasという二つのホームディレクトリが存在している状態になる。

Jan 19, 2010

Amazon EC2再び

ポスト @ 22:11:09 , 修正 @ Jan 19, 2010 13:11:09 | Amazon,ubuntu,MacOSX

 何度も書いているように、引っ越しである。引越しの最中は自宅サーバは動かせない。引っ越し荷物の中に入っているからだ。今回もまた、Amazon EC2で動かすことにしよう。

 前と違うのは、Ubuntu Server on Amazon EC2というのがCanonicalから正式に発表されていることである。そして、Ubuntuの解説サイトEC2StartersGuideを読めば、簡単に動かせるのだ。

 EC2のアカウント取得などは、すでにできているものとして、今回はUbuntu Server on Amazon EC2を書き留めておく。主に自分用の備忘録である。こういう最初の設定などはすぐに忘れてしまうから、手順を書き留めておかなくてはあとで困るのからだ。

 アカウントを作って、X.509 Certificateとそれのprivate keyをダウンロードしておく。private keyをなくしてしまったら、certificateを作り直さなくてはならない。後で参照することはできない仕組みになっているのだ。その辺の準備ができたらインスタンスを起動するのだが、今回は、9.10 Karmic Koala us-east ami-1515f67cを選んだ。

 まずはUbuntuで操作する場合、sudo apt-get install ec2-api-toolsとやって、ec2-api-toolsをインストール。何と便利なのだろう。
~/.bashrcに

export EC2_PRIVATE_KEY=$HOME//pk-XXX.pem
export EC2_CERT=$HOME//cert-XXX.pem
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/
 私は~/.ec2にこれらのファイルを置いたので、~/.ec2/pk-xxx.pemといった具合に記した。 次に.ec2へ移動して、
ec2-add-keypair ec2-keypair > ec2-keypair.pem
としたあと、
chmod 600 ec2-keypair.pem
とやって、このファイルを他所の人が見られないようにする。これが755だったりすると、怒られてログインできない。
ec2-run-instances ami-xxxxx -k ec2-keypair
というようにインスタンスを立ち上げて、
ssh -i /path/to/ec2-keypair.pem ubuntu@external-host-name
というようにsshでログインする。ユーザはrootで入ろうとすると、また怒られてしまってログインできない。ubuntuで入って、適宜sudoを使いなさいと言われるので、それに従う。

 MacOSXの場合は、Amazon EC2 API Toolsをダウンロードして、適当なところに配置する。その後、~/.bash_profileに

export EC2_HOME=/Users/tolleetlege/ec2-api-tools
export PATH=$PATH:$EC2_HOME/bin
export EC2_PRIVATE_KEY=/Users/tolleetlege/.ec2/pk-xxxx.pem
export EC2_CERT=/Users/tolleetlege/.ec2/cert-xxxx.pem
export JAVA_HOME=/Library/Java/Home
などと書く。あとはUbuntuとほぼ同じ。もちろん、EC2_HOMEはどこでも自分の好きなところへ。

これで最低限の準備ができたところ。続きはまた。