2007-09-26 22:39:36
embossで標準出力をさせる方法があるとここを読んで初めて知った。今までこれが判らず無駄に苦労したことがあった。「入力ファイルに'stdin'と書くと標準入力から読む」と書いてあるけれども、どうもそうならないことも多い。今すぐ、たった今、この瞬間に"GGATAACGTCTCAATAGCATG"の相補鎖を知りたい！ ５秒遅れたら死にそうだというようなときに困るのだ。
revseq "echo RGGATAACGTCTCAATAGCATYG |" stdout Reverse and complement a sequence >EMBOSS_001 CRATGCTATTGAGACGTTATCCYというようなことはできると判ったが、何か納得できない。Biorubyを使って、
bioruby> puts seq("RGGATAACGTCTCAATAGCATYG").complement
cratgctattgagacgttatccy
とすることももちろん可能だ。でも、これも満足できない。打てば響くように帰ってきて欲しいのだ。
2007-09-25 22:41:46
新規インストールしたubuntuでemacsを使おうとしたら、こんな表示画面になった。ちょっとこれでは嫌だ。
そこで、.emacsに以下のように書き込んでみた。
(create-fontset-from-fontset-spec "-ipamona-gothic-medium-r-normal--12-*-*-*-*-*-fontset-ipamona12, ascii:-misc-fixed-medium-r-semicondensed--12-90-100-100-c-60-iso8859-1, ascii:-schumacher-clean-medium-r-normal--12-120-75-75-c-60-iso8859-1, japanese-jisx0208:-ipamona-gothic-medium-r-normal--12-120-75-75-c-*-jisx0208.1983-0, katakana-jisx0201:-ipamona-gothic-medium-r-normal--12-120-75-75-c-*-jisx0201.1976-0") (set-default-font "fontset-standard")するとこんなふうになった。これはipamonaフォントのgothicを使った設定である。欧文フォントは別フォントで設定している（そうしないと甚だ見づらい表示になる）。
次にshinonomeフォントを試してみた。欧文フォントの別設定はない。
(create-fontset-from-fontset-spec "-shinonome-gothic-medium-r-normal--14-*-*-*-*-*-fontset-shinonome14")
行間隔は
(setq default-frame-alist (append (list
'(line-spacing . 6)
)default-frame-alist))
という設定をして少し広げてみた。shinonome14でいいのかなという感じだ。設定も簡単だし。参考にしたのはUbuntu日本語フォーラム/Emacsでのフォント設定について
2007-09-24 10:39:55
『統計解析環境Ｒによるバイオインフォマティクスデータ解析』（4300円＋税／共立出版）[amazon.co.jp, bk1,
紀伊國屋書店]という本を買って、早速GGobiをインストールしてみた。多次元データを視覚的に表示するものらしい。Linux版をダウンロードして、
./configure --with-all-plugins make sudo make install make ggobirc sudo mkdir -p /etc/xdg/ggobi sudo cp ggobirc /etc/xdg/ggobi/ggobircとやればいいというのでやってみると足りないものがあって、libgtk2.0-devとlibxml2-dev、libjpeg62-devをSynapticを使って追加した（もちろんaptでもいい）。いよいよsudo make installとしようと思ったところで、Synapticでggobiとr-omegahat-ggobiがインストールできることに気がついた。後者は普通rggobiと呼ばれているもののことだろう。コンパイルしたものはそのままにして、Synapticから二つをインストールした。
続いて本に書いてあるように
ggobi (ggobi_find_file("data", "flea.xml"))
と入力してみたら、
bash: syntax error near unexpected token 'ggobi_find_file'
というエラーが出てしまった。どうなっているんだ。ただ、ggobiと打ってGGobiを起動し、さきほどコンパイルしたフォルダの中にあるdata/flea.xmlを開いたら、本に載っているような例が出てきた。Synapticでインストールすると、こういうデータはどこに入るのだろう。それともインストールされないのか。
話は変わるが、今まで/etc/crontabを直接編集していたのだが、あちこちでcrontab -eで編集せよみたいなことを見かけるので、そうしてみたら全然指示していることが実行されないではないか。どういう訳なんだと思ったら、root権限で実行するのはここに書いては動かなくて、やはり/etc/crontabに書き込むらしい。そうなのか、本当にそうなのか。とりあえず、root権限で実行する項目は/etc/crontabに戻した。
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